卵巢囊腫長期存在，可能會引起一些并發癥。這些并發癥包括：
1、卵巢破裂：有自發性破裂和外傷性破裂兩種，前者多因囊腫惡變生長迅速引起，后者可因腹部受到重擊、性交、盆腔檢查等引起。小的囊腫或單純漿液性囊腺瘤破裂時，患者僅有輕度的腹部疼痛；大囊腫或畸胎瘤破裂后，患者常有劇烈的腹痛、惡心、嘔吐等，囊腫越大，破裂的風險就越大。破裂也可導致腹腔內出血、休克。破裂者需立即手術，切除的標本需送病理學檢查。
2、卵巢囊腫蒂扭轉：通常在突然改變體位，或妊娠期、產褥期子宮大小、位置改變時發生蒂扭轉。此外，擴大的囊腫可導致卵巢移動，提高了扭轉的發生率。患者常突然出現下腹部劇烈疼痛，伴有惡心、嘔吐甚至休克。扭轉可以使流向卵巢的血流受阻，從而導致卵巢壞死，一經確診，應盡快行手術治療。
3、感染：比較少見，多繼發于蒂扭轉或囊腫破裂，表現為發燒、腹痛。實驗室檢查見白細胞升高，應進行抗感染治療，手術切除囊腫。
4、惡變：囊性腫瘤如果生長迅速，尤其是雙側患病者，應考慮惡變的可能，應盡早手術。絕經后形成的卵巢囊腫，其癌變的可能性較大。
5、提前衰老：卵巢囊腫長久不治療，會使得女性內分泌失調，臉上無光澤，提前進入老年狀態，隨之而來會導致面無血色、痤瘡色斑、面黃肌瘦等情況。
