福建醫科大學附屬協和醫院前身是福州基督教協和醫院（又名Willis F. Pierce Memorial Hospital），為創建于1860年的福州圣教醫院與創建于1900年的馬高愛醫院合并而成，為八閩現代醫學的發祥地。現為一所集醫療、教學和科研為一體的大型三級甲等綜合性醫院。醫院座落在福州市中心風景秀麗的于山之麓，現有開放床位2200張，年門診病人超150萬人次，年收治住院病人超6萬人次，開展各類手術5萬余臺。現有員工2800余人。其中正、副高職稱（含教授、副教授）400余人，擁有博士、碩士學位的醫師占醫師總數的60%，有國家突出貢獻專家4人、省部級優秀專家9人、享受政府特殊津貼專家32人、入選國家級“百千萬人才工程”和省廳級“百千萬人才工程”人選68人。
福建醫科大學附屬協和醫院臨床科室齊全，其中血液內科和心臟大血管外科是國家臨床重點專科，血液內科、內分泌內科、普通外科、胸心外科4個學科居全省首批10個重點學科之列，燒傷外科、心血管內科冠心病專業、小兒內科醫學心理學專業躋身省內10個領先醫療特色專業。血液病學專業也是福建省“211”工程唯一的西醫臨床重點學科。福建省超聲醫學、院內感染、燒傷治療質控中心也掛靠在該院。此外，神經外科、泌尿外科、腫瘤科、消化內科、神經內科、老年醫學科、介入科、超聲醫學科、影像等專業的診療技術也有較突出的優勢和特色。近年來，醫院開展了大量的新技術、新項目，其中同種異體心臟移植手術的例數及成功率均屬全國領先，兒童心臟移植填補國內空白；心臟移植后的肝移植、雙肺移植、異基因造血干細胞移植治療白血病、心臟不停跳冠脈搭橋術、急性心肌梗塞的介入治療、腹腔鏡肝癌、胃癌切除術及結、直腸癌根治術、神經內窺鏡下顱內病灶切除術、超聲造影與超聲介入無水酒精量化治療肝癌等技術已達到國內先進水平。
福建省血液病、內分泌、肝膽外科、胸心外科等11個省級研究所及其他10個校級研究機構掛靠醫院，醫院重視發揮科技力量雄厚的優勢，近年承擔國家“863”、“973”、國家自然科學基金、衛生部、教育部、省教育廳、科技廳等大量科研課題，先后獲得3項國家科技進步獎、國家自然科學獎，312項省、部級等科研成果獎。
協和臨床醫學院設有54個教研室（組）、1個臨床醫學博士后流動站、22個博士學位授權點和32個碩士學位授權點。承擔福建醫科大學的臨床醫學、醫學影像學、醫學檢驗學、藥學和護理學等專業的臨床教學任務，每年還招收培養博士和碩士學位研究生120余名。
福建醫科大學附屬協和醫院擁有大批國際先進醫療設備，如：美國GE公司寶石能譜CT、德國西門子雙源64層CT、40層CT、3.0T核磁共振，美國GE公司PET-CT、全數字化血管造影機（DSA）、雙探頭SPECT，美國瓦里安直線加速器及GE大孔徑CT模擬定位機，癲癇刀，德國多尼爾多力王者體外震波碎石治療系統，頭顱伽瑪刀等。醫院大型設備配置居省內領先水平。目前醫院初步實現了管理電腦化及后勤服務社會化。
福建醫科大學附屬協和醫院重視兩個文明建設，加強職業道德教育，努力提高醫療服務質量，1994年被衛生部評為福建省首批“三級甲等醫院”，并先后被授予“全國衛生系統先進集體”、“全國創建‘以病人為中心，優質服務’百佳醫院”等稱號。醫院全體醫務人員秉承“嚴謹、求精、勤奮、奉獻”的協和精神，竭誠為海內外人民的健康提供一流服務。
福建醫科大學附屬協和醫院新院徽圖案以古樸、典雅、莊嚴的紅樓為主體，體現了協和悠久的建院歷史和獨具特色的建筑標識。紅十字是一個給有困難的人予以幫助的組織標志，弘揚“人道、博愛、奉獻”的紅十字精神，保護人民的生命和健康，促進人類和平發展，也寓含醫院前身為教會醫院的特殊歷史背景。橄欖枝寓意生命、健康與希望，象征醫院安寧、祥和與活力，體現醫院崇尚 “綠色人文”，營造良好的就醫環境，實現“以病人為中心”的服務宗旨。
