哈爾濱醫科大學附屬第二醫院創建于1954年，是集醫療、教學、科研、預防、保健和康復為一體的大型綜合性三級甲等醫院。
醫院占地面積50萬平方米，建筑面積51萬平方米，擁有1個門診部、7個住院部及4所“院中院”—— 風濕病醫院、心血管病醫院、五官醫院、干部保健醫院。全院職工3603人，其中衛生技術人員3052名，正、副高職767人，博士生導師57人，碩士生導師294人,享受國務院特殊津貼18人，“龍江學者”2人、“國家杰出青年基金”獲得者1人、“教育部新世紀優秀人才”1人；開放床位3100張，年出院病人11萬余人次，年手術例數5萬余人次，年門診量超過120萬余人次。醫院設有44個臨床科室、13個醫技科室；擁有國家新藥臨床實驗研究中心、國家藥品臨床研究機構、省部共建教育部心肌缺血和診療技術重點實驗室、黑龍江省器官移植中心、產前診斷與遺傳病診斷中心、血液凈化中心、風濕病研究所、心血管外科研究所、黑龍江省麻醉與危重病學重點實驗室、黑龍江省高校藥物研究重點實驗室、麻醉基礎理論與應用重點實驗室、哈爾濱醫科大學血液病研究所、藥學藥物研究所、呼吸病研究所、生殖內分泌醫學中心。醫院擁有伽瑪刀、X刀、3.0TMRI、64排螺旋CT、DSA、ECT等先進醫療設備。
醫院堅持開展高、精、尖醫療新技術，成功地完成心臟移植、肺移植、肝臟移植、脾臟移植、腎臟移植、睪丸移植、心肺聯合移植、胰腎聯合移植、甲狀腺-甲狀旁腺-胸腺聯合移植、角膜移植、骨髓移植等移植工作，使醫院在器官移植種類、技術和質量等方面都居國內領先地位。“換心人”楊玉民術后生存18年半，創造了心臟移植術后生命質量最好、生存時間最長的亞洲記錄。心臟移植課題組在2002年榮獲國家科技進步二等獎。肝臟移植病人也已健康存活14年。2006年成功完成全主動脈置換手術，成為國內能夠開展此項技術的兩家醫院之一。醫院以“病員至上，細心醫護”為院訓，重視醫德醫風建設，開展“以病人為中心”的整體護理工作，滿足、方便了不同層次患者的醫療、保健、康復需求。2001年4月，哈爾濱醫科大學護理學院在醫院成立，同年5月，醫院護理部李秋潔主任榮獲“第38屆國際南丁格爾獎”。獲衛生部“2010年優質護理服務考核優秀醫院”。
作為哈爾濱醫科大學臨床醫學院，醫院擁有二級學科博士點19個、三級學科博士點32個，臨床醫學博士后科研流動站和臨床藥學博士后科研工作站各1個, 衛生部專科醫師培訓基地31個；擁有國家臨床重點專科4個、國家重點（培育）學科1個、省級重點學科11個、省特聘教授崗位學科8個；獲國家級精品課程4門、國家級特色專業2個、國家級教學成果2項；承擔博士生、碩士生、七年制、本科生等多層次、多軌道臨床教學任務。醫院擁有5200平方米獨立的教學大樓，有多媒體教室、語音教室、網絡教室。醫院投巨資創建臨床模擬教學中心，購買模擬教學模型，培訓標準化病人，廣泛應用于臨床教學，于2009年獲批建設國家級臨床實驗教學示范中心。醫院擁有1.4萬平方米本、專科學生公寓，1.6萬平方米的研究生公寓。
醫院重視科研工作，近年來獲各級、各類課題共1060項，其中國家杰出基金1項、國家自然科學基金86項；獲各級科技成果獎200項，其中國家級成果獎1項，省部級成果獎104項。在各類期刊學會上發表學術論文7924篇，被SCI收錄331篇；積極開展對外交流與協作，與美國匹茲堡大學、邁阿密大學、加拿大多倫多大學等26所大學與醫學院有著廣泛的聯系，并開展了多項科研合作，10年來僅在美國匹茲堡大學培訓醫務人員已達100余人次。美國匹茲堡大學、邁阿密大學已成為醫院國外培訓的重要基地。
幾年來，醫院加強了內、外環境的改造。2008年新門診大樓投入使用。2011年新建科教樓、干部病房樓、綜合病房樓總計17萬平方米將全部投入使用。實現了病房“賓館化”、庭院“花園化”，為病人營造了一個溫馨、舒適的就醫環境。
一流的技術、一流的服務贏得了社會廣泛贊譽。醫院重視三下鄉工作，義診足跡遍布黑龍江省各個市縣，2010年醫院購置國內首輛“汽車醫院”，將三下鄉工作開展到社區、村鎮。醫院曾多次榮獲國務院、國家勞動人事部、衛生部、省政府嘉獎；先后榮獲“全國百佳醫院”、“全國衛生系統先進集體”、“全國衛生系統行業作風建設先進集體”、“全國綠化四百佳單位”、國家十四部委授予“全國科技、文化、衛生‘三下鄉’先進集體”、“全國五一勞動獎狀”等光榮稱號。
今天的哈醫大二院已成為學科齊全、設備先進、技術精湛、環境優美的現代化醫院和臨床醫學院。展望未來，我們將堅持“質量建院、創新立院、人才強院、科教興院”的建院方針，堅持“以病人為中心，提高醫療服務質量，打造專科品牌特色，提升綜合實力，保證醫院可持續發展”的辦院方向，為早日實現國內一流、國際有影響的醫院而努力奮斗。
