(一)發病原因
1.感染與損傷 肛竇因竇底在下，開口朝上，呈袋狀，引流差，容易貯藏糞便引發感染和損傷，肛竇的邊緣又有游離的半月形的肛瓣，也容易受到干糞塊的擦傷或被排便時撕裂。排便次數增多或患腸炎、痢疾、腹瀉、便秘等，頻繁刺激肛竇和肛瓣。身體和局部抵抗力降低，或有周身慢性消耗性疾病，糞便和異物存積肛竇，竇道受到阻塞，使肛腺分泌的肛液引流不暢，加上糞便分解，病菌繁殖，肛竇即發炎腫脹。常見的致病菌有大腸埃希桿菌、葡萄球菌、變形桿菌、產氣桿菌、鏈球菌、結核桿菌、綠膿桿菌等，其中大腸埃希桿菌占60%～70%。
2.性激素的影響 高月晉等(1985)指出，與皮脂腺一樣，肛腺的發育與功能主要受人體性激素的調節，性激素的高低直接影響著肛腺的增生與萎縮，因此性激素的水平與肛竇炎的發生有密切關系。而性激素中以雄激素的影響最大。人一生中，新生兒體內由母體帶來的雄激素較多，故肛周感染較多，一過發育成長期，隨雄激素水平下降，肛周感染有的可自愈。男性及青壯年雄激素水平較高，故而肛腺感染增多，肛周膿腫常發于青壯年。老年性激素水平明顯下降，肛腺隨之萎縮，因此老年很少發生肛竇炎及肛周感染。
3.胚胎發育的影響 認為在胚胎發育的第7周，泄殖腔膜和肛膜破裂，與后腸融合，此時泄殖腔膜的背側部分衍生為肛管、齒狀線和肛柱的下部，若由于某種原因造成肛膜與后腸之間發生異常融合，不能形成正常齒狀線和隱窩，而形成不規則齒狀線和過深隱窩，出生后容易受細菌感染和損傷，形成肛竇炎、肛周膿腫和肛瘺。臨床觀察證實肛周膿腫和肛瘺患者的肛隱窩常異常加深，可深達3～10mm，數目可增至3～13個，胚胎發育影響著肛竇的學說已為專家廣泛認可。
(二)發病機制
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