男性尿道癌應與尖疣、尿道狹窄、尿道周圍膿腫、結核、陰莖海綿體硬結癥鑒別。必要時應作活體組織檢查。
女性尿道癌應與下列疾病相鑒別
1.尿道肉阜 為發生于女性尿道口部位的良性息肉樣組織。有時可與突出至尿道外口的尿道癌混淆。尿道肉阜以絕經后女性多見，伴燒灼感，呈鮮紅色、質軟、易出血的息肉樣腫塊，基底廣，血管豐富，表面無潰瘍與分泌物，有明顯觸痛，不向外浸潤。
2.尿道尖銳濕疣 為性傳播疾病，除了發生在尿道外口外，多同時出現在外陰、陰道、肛門周圍等，有排尿灼痛及尿道分泌物。鑒別困難時，取活組織檢查。
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