病毒感染
病毒感染是誘發兒童與青少年睪丸萎縮最為常見的病因，尤其是流行性腮腺炎病毒，俗稱“痄腮”病。當睪丸受此病毒侵襲后，睪丸內的生精組織會受到破壞，睪丸體積縮小，質地變軟。
傳統內褲設計不合理所致
由于男人的身體構造很特別，陰囊的伸縮是為了調節睪丸的溫度低于體溫2-3度，所以到了夏天陰囊會擴張的比冬天大的面積來調節溫度。更因為那特別的部位很重要，因此男人的內褲其實影響男人睪丸萎縮非常大，不過因為男人個性上較不拘小節，對于內褲設計不良而產生的不適，經常隱忍并輕忽，導致現有市場上所有傳統男性內褲，其實皆隱存有很大缺點，比如很多內褲前面都是雙層的，將JJ和陰囊緊緊的包裹著，易導致睪丸溫度升高，進而引發睪丸萎縮。特別是到了夏天更是導致陰囊潮濕、溫度長時間處在高溫中，時間久了還會引發許多相關的皮膚病和生理機能的疾病。內褲是主要的原因，而往往容易忽視。
損傷
陰囊或睪丸部位發生過撞擊性損傷，造成陰囊血腫或睪丸裂傷等，即使創傷愈合，睪丸也會長期處于供血不充裕狀態，發生萎縮。
炎癥
重度睪丸炎，發病時睪丸腫脹、疼痛，可以持續多日。由于細菌侵犯而造成睪丸組織破壞，導致睪丸組織發生萎縮。
放射性物質影響
凡是較長時間接觸放射性物質者，例如長期從事X線、同位素等職業人員，如未作很好保護，會引起睪丸萎縮癥。
內分泌疾病
睪丸是一種內分泌器官，主要產生雄激素，而身體上許多指揮內分泌的器官，如腦垂體、腎上腺、丘腦下部等出現疾病，都會干擾睪丸的功能，引起睪丸萎縮。
藥物影響
長期服用某些有毒性藥物，例如砷劑，或者反復使用對抗雄激素的雌激素類藥物，例如乙芪酚等，都會引起睪丸萎縮。
