主要的原因有：
⑴ 神經內分泌性肥胖，這是一類由神經-內分泌系統疾病引起的肥胖，實際上是內分泌疾病的結果。引起成年人繼發性肥胖的內分泌疾病主要是皮質醇增多癥和甲狀腺功能低減;而在兒童，繼發性肥胖則主要是下丘腦疾病造成的，如下丘腦部位長了瘤子等等。有一種叫做胰島素瘤的病，患者胰臟中長了瘤子，不停地分泌胰島素，使這類患者經常處于低血糖的狀態之下，不得不經常、大量地吃東西，也可引起肥胖。一些早期糖尿病患者的情況與此相同，他們體內有高胰島素血癥，老是感到饑餓難忍，不得不多食而造成肥胖。這些都屬于神經內分泌性肥胖。
⑵ 伴有肥胖的遺傳綜合征：有些臨床表現常常伴隨著同時出現，病因不明，通常把這種情況說成是某某綜合征。有些綜合征常有肥胖，比如肌張力智力低下-性功能減退-肥胖綜合征(Prader- Willi綜合征)和色素視網膜炎-性功能減退-多指畸形綜合征(Laurence-Moon-Biedl綜合征)患者就常伴有肥胖。這些遺傳綜合征除了肥胖以外，還會伴有其他異常，譬如發育遲緩、性功能不全、肢體畸形、智力低下等等表現。
⑶ 醫源性肥胖：有些患者既沒有引起肥胖的原發疾病，也不是單純性肥胖，他們的肥胖是服用了某些藥物所引起的，一般管這種肥胖叫做醫源性肥胖。能夠引起醫源性肥胖的藥物包括糖皮質激素(強的松或地塞米松等)、酚噻嗪、三環類的抗抑郁藥物、胰島素等。另外，顱腦手術如果影響到下丘腦，也可以引起肥胖。由于醫源性肥胖的原因很明確，所以有人把醫源性肥胖也歸入繼發性肥胖之內。
